In der sekundären Prävention wird mit bereits identifizierten und gefährdeten Personengruppen daran gearbeitet, dass sie in ihren meist schwierigen Lebenssituationen Unterstützung erhalten, um dadurch problematische Handlungen zu verhindern bzw. abzumildern. Im Besonderen Fokus stehen hier bereits vorbestrafte Jugendliche im Hinblick auf politisch motivierte Handlungen oder Personen mit einer Affinität zur Gewalt.
Für Michaela Glaser, die in der Forschung zu pädagogischen Ansätzen der Extremismusprävention tätig ist, ist Prävention ein Eingriff in das Leben der Betroffenen. Deswegen, so argumentiert sie, braucht es für diese Form der Bildung besondere Begründungen und eine Legitimation. Sie sieht Prävention als problematisch, wenn bei der Durchführung keine genügend scharfe Trennlinie gezogen wird zwischen Ausdrucksformen politischer Gesellschaftskritik, die durch die Verfassung rechtlich geschützt sind und menschen- bzw. verfassungsfeindlichen Aussagen.